Копался в интервью с разрабами.
Прямое доказательство,что второй концовки нет: Вопрос:
"Сколько будет у игры концовок?"
Ответ:
"Не будем кривить душой, пытаясь потешить любителей множественных окончаний игры - концовка одна. Здесь и не может быть другого ответа, ведь у первой игры есть начало и оно одно, а так как "Чистое Небо" – это не адд-он, а полноценная игра-предыстория, то и окончание у нее должно быть одно, совпадающее с началом "S.T.A.L.K.E.R.". "
Вот так вот.